Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Проблема может быть и в подушках коробки, ее перекосу относительно кузова, так и по тягам, кулисам, механизму выбора, их регулировки.
Проверьте подушки, нет ли перекоса коробки, отцентруйте ее на подушках. Далее, отрегулируется кулису.
В случае если проблема не уйдет, тогда уже коробку под разбор.
Херсон, Skoda Octavia