Здравствуйте, а сама передача хорошо включается? Иногда причинам в том, что кулиса трется о кузов, из-за этого вибрация передается от КПП и происходил такой звук. Еще стоит проверить тросик сцепления, он тоже может быть проводником воя. Вообще, проблема распространенная и у многих она присутствует, есть мнение, что это такая конструктивная особенность КПП. Еще стоит проверить состояние подшипников первичного и вторичного валов.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108