Если заменили практически все элементы которые могут вызывать такие последствия по проверяйте тормозные суппорта, амортизаторы.
Подшипники, задняя ось также может вызывать вибрацию на педаль тормоза.
Просмотрите еще раз тормозную систему, Вы что-то упустили явно.
Херсон, Skoda Octavia