Добрый день, уважаемый автовладелец!
В первую очередь, нужно проверять состояние механизма рычага переключения передач, рычагов переключения, кулис, привода переключения.  
Если с ними все в норме, тогда уже коробку на разборку, и дефектовку. 
Наиболее распространенная проблема это поломка пружинок механизма переключения передач в коробке.
                                    
                                                    Херсон,                                                                            Skoda                            Octavia