Здравствуйте, такое может быть, если при установке КПП повредили лепестки корзины или сам диск сцепления, вот и вибрирует. Это часто бывает, когда коробку не закрепив, оставляют висеть на первичном валу. Еще мог попасться бракованный диск, корзина, выжимной. Нужно снимать коробку и проверять. Также стоит проверить опоры.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108