Здравствуйте, уточните, до ремонта двигатель такой вибрации ручки КПП не было? Кроме того, что Вы указали может еще что-то делали-меняли? Если подушки двигателя менялись, то стоит проверить все ли протянуто, как следует, попробовать двигатель покачать, не гуляет ли он часом в подкапотном пространстве.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108