Здравствуйте, нужно точнее локализовать источник шума, послушать, откуда больше идет звук, от КПП или из моторного отсека. Но судя по описанию, дело может быть в ДВС, проверьте состояние ремня ГРМ. Если звук больше идет от коробки, то причина может быть в износе подшипника первичного вала, синхронизатора, втулки кулисы, низкого уровня масла. Нужно разбирать и проводить дефектовку.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108