Нет! Топливный фильтр не может приводить к отключению насоса! Он может создавать сопротивление подаче топлива, что можно легко увидеть при замере давления топлива. Вам стоит проверить приходящее на насос питание в момент его остановки. Если оно присутствует, то меняйте насос смело, это он виноват. А вот если нет питания, то придётся ещё поискать- реле, контроллер, проводка, сигнализация...