Добрый день, уважаемый автовладелец!
Чаще всего данный звук говорит об износе подвесного или крестовин на кардане.
Проверьте их в первую очередь, так как коробка может быть не при чем.
Если с карданом все в норме, тогда уже вывешивать авто на подъемник, включать передачу, разгонять авто, и включая нейтралку, слушать что и где звенит.
Иных вариантов не будет, все лучше смотреть по месту.
Херсон, Skoda Octavia