Добрый день!
В любом случае, при включении передачи, возникают знакопеременные нагрузки на двигатель и трансмиссию, и силовой агрегат может перемещаться относительно кузова за счет хода резиновых элементов подушек, это нормально.
Если же возникает вибрация при трогании, или в ходу тогда уже есть повод проверить подушки.
Херсон, Skoda Octavia