Добрый вечер. Для начала стоит убедиться, что звук всё-же именно от КПП. Для этого стоит локализовать его на подъемнике, также переключая все передачи. Если звук проявляется исключительно под нагрузкой, т.к. специальные стетоскопы со специальными магнитными датчиками, которые можно прикрепить на определенные части трансмиссии и выполнить тест-драйв. Но, как правило, гул коробки на подъемнике слышно отчетливо.
Если будет выяснено, что он всё-таки из коробки, то как заметил Егор, стоит проверить уровень масла, его состояние, цвет, запах, при необходимости заменить. Если не помогает - то разборка и дефектовка МКПП.
Mazda 3