Здравствуйте,вы практически уже всё проверили сами.Осталось немного.Я надеюсь,что стук звонкий и идёт из головы,если глухой снизу,надо проверять поршневую группу.Всё что сверху отпадает.Осталось следующее-
могут стучать сами гидрокомпенсаторы в стакане головки блока.Когда снимали вал, надо было проверить люфт в стакане.Если сильно разбиты втулки клапанов, это тоже может вызвать стук. Из за нагара на штоках клапанов,они могут подвисать,и стучать соответственно.Может лопнуть часть пружины,и работать будет и стучать будет.Ещё может не хватать давления масла,которое подходит к голове.Вы не пробовали промыть масляную систему,и продуть масляные каналы?
Клин