Здравствуйте.
Как правило, если снимать леммы аккумулятора при выключенном зажигании, да и в основном при включенном, никаких проблем не возникает,в редких случаях могут быть сбои в работе электроники.
Иное дело, если Вы подключали питание в процессе ремонта, когда была снята педаль, включали зажигание, при этом могут загореться ошибки.
Сейчас, если все работает исправно, нет ни ошибок ни посторонних нетипичных признаков поведения авто - можете не переживать, все в порядке.
Если Вы закончили ремонт, но задумываетесь о подключении АКБ, то еще раз перепроверьте все элементы которые затрагивала замена, и вынув ключ, подключайте клеммы.
Херсон, Skoda Octavia