Учитывая что звук проявляется только при выжимании сцепления (если я Вас правильно понял), сама коробка передач в данном случае не при чем. Причину следует искать в неисправности сцепления, вероятно придется менять механизм в сборе. Если Ваш автомобиль находится на гарантии, необходимо обратиться с жалобой к дилеру.
Россия, Subaru Legacy