Вода может попадать в корпус воздшного фильтра только через воздухозаборник или через повреждения корпуса. Трещины поищите, это несложно. А вот с воздухозабором нужно убедиться, что патрубки стоят на штатных местах, и если это так, то возможно штатное место неудачное и его придётся изменить, чтобы снизить вероятность попадания брызг в район воздухозабора в наших непростых условиях.