Добрый день, уважаемый автовладелец!
Такие негативные факторы могут наблюдаться из-за износа подушек КПП, сцепления, или самой коробки, вилок включения передач, механизма включения.
Начните с осмотра подушек, механизма включения, после уже коробку под разбор и проверку.
Херсон, Skoda Octavia