Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если был проведен такой комплексный ремонт, когда затрагивались и мотор и трансмиссия, то и проверять все нужно комплексно, и желательно там где проводились работы.
Отгоняйте авто на станцию, пусть все проверяют, подключают сканер, считывают данные, анализируют общие данные и ищут проблему. Самостоятельно и тем более удаленно ничего сказать невозможно.
Херсон, Skoda Octavia