Здравствуйте.
Иммобилайзер не должен влиять на работу двигателя.
Чек мигает при пропусках воспламенения, когда троит двигатель. Прокатитесь с подключенным сканером, в момент неисправности должна быть ошибка, если ее не будет, а чек мигнет, то причина может быть например в ЭБУ двигателя. Проверьте разъемы и провода катушек зажигания и форсунок, давление топлива манометром.
Балаково, Kia Ceed