Добрый день.
Проверьте уровень масла в КПП. Так же если масло старое, его следует заменить. Если скрежет все равно остался, то скорее всего неисправен синхронизатор. На МКПП попробуйте сначала выжать сцепление включить 3ю передачу, а затем заднюю. Если имеются трудности при включении передач, скорее всего у вас ведет сцепление, и его следует заменить.
Москва, Subaru Impreza