Здравствуйте, Антон.
Я думаю никакой проблемы нет впринципе. Стоит только перепроверить правильность установки. Просто Вы привыкли к обдуву без фильтра, и теперь кажется, что есть какая-то проблема. Любой фильтр (даже новый) создает сопротивление для движения воздуха - это нормально. Поэтому обдув будет действительно отличаться без фильтра и с фильтром салона.