Здравствуйте, если меняли заднее стекло, то проблема может быть в некачественной вклейке стекла. Еще вода в салон может попадать из заглушек в полу (для проверки нужно снимать обшивку), посмотреть снизу на подъемнике. Также в багажник может попадать из-за поврежденного или изношенного уплотнителя.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108