Здравствуй, замена движка и коробки довольно серьезный ремонт для авто. Причин "чека" при этом может быть очень много, от некачественной замены, до неисправностей в установленных ДВС, КПП и их подсистемах (проводка, разъемы, ЭБУ). Могли какой-либо датчик задеть, не подключить, проверьте ДМРВ, ДПКВ, лямбду. Лучше всего подключить сканер и считать код ошибки, по нему быстрее и точнее найдете причину.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108