Здравствуйте.
Причина вероятнее всего в замке стекла.
Для начала необходимо попробовать отрегулировать замок стекла багажника, при необходимости заменить его вместе с петлей.
Также причиной стука могут быть изношенные навесы крышки багажника.
Россия, Subaru Legacy