Здравствуйте. Если после замены масла, хруст ушел, коробка переключается без рывков, и передачи не выбивает - судить о каких-то неисправностях сложно.
Возможно, до приобретения Вами автомобиля, пред идущий владелец не менял масло в КПП, и этот хруст был вызван устаревшим маслом? Т.к. современные узлы очень требовательны к смазочным материалам.
Какого качества, и в каком количестве Вы слили старое масло?, была ли в нем стружка? Промывали ли Вы коробку до заливки нового масла?
Если старое масло было со стружкой, и имело очень густую, неоднородную консистенцию - желательно после замены(той, которую Вы сделали недавно), сделать замену повторно. Если в КПП остались загрязнения после работы на старом масле, то залив новое, оно промоет все валы и шестерни, и при повторной замене можно будет добиться восстановления чистоты внутрекартерного пространства.
И если все-таки после проделанных действий останется шум и "рыкание" при переключении, то только разборка и дефектовка КПП даст достоверные результаты о выходе из строя каких-либо частей.
Херсон, Skoda Octavia