Возможно как раз проблема в том, что теперь установлен 4G69. Не смотря на то, что оба двигателя 2.4, система управления немного отличается. Всё же остальное осталось со старого двигателя? Форсунки, дроссельная заслонка? ЭБУ?
Как заметили коллеги, пробуйте адаптировать дроссельную заслонку и смотреть параметры работы остальных элементов системы впуска и топливной системы.
Mazda 3