Двигатель нужно заводить перед самой прокачкой, чтобы легче было прокачать, т.к. будет работать ВУ, но не обязательно заводить, можно и так, если сомневаетесь, просто сильнее придется давить. А по поводу сцепления, то еще раз напишу, что его трогать не нужно, там отдельный контур, главное полностью бачок с тормозной жидкостью не опустошать, т.е. менять путем доливания и все, штуцера открыть, а в бачок постепенно доливать.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108