Здравствуйте, такая проблема может возникнуть из за игольчатого подшипника шестерни третьей передачи.Вы не написали, меняли ли игольчатые подшипники шестерён,или оставили старые.При разборе коробки, надо ставить новые подшипники.Проверьте уровень масла, попробуйте поменять его.И если шум будет увеличиваться,то придётся менять подшипник ещё раз.
Клин