Добрый день, уважаемый автовладелец!
В первую очередь, смотрите какие разъемы могли повредить, перебить провода, что-то не подключить.
После, уже сканер, и проверка работы датчиков, наличия оборотов прокрутки.
Датчик коленвала могли и задеть при установке коробки.
Херсон, Skoda Octavia