Действительно похоже, что без дефектовки коробки не обойтись. Попробуйте также попереключать все передачи на подъемнике и послушать стетоскопом, откуда именно звук. Если даже без нагрузки он будет исходить из КПП, то необходимо снимать и разбирать. Уровень масла конечно стоит проверить.
Mazda 3