Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если в фильтре були сгустки парафина, то и в магистралях тоже могли остаться.
После уже проверять работу ТНВД, не закис ли перепускной клапан низкого давления, работу форсунок.
Начните с удаления парафина, если он образовался в системе.
Херсон, Skoda Octavia