День добрый. Мигающая лампа иммобилайзера говорит о неисправности этой системы. Вариантов может быть несколько, но наиболее вероятный - это потеря ключей зажигания модулем PATS. Поэтому начать стоит с проверки элементов питания в ключах, при необходимости их замены, а далее програмированием ключей с помощью диагностического прибора Ford IDS. Если ключи старого образца, то сменных элементов питания там нет, а встроен аккумулятор, который подзаряжается при езде от замка зажигания. Возможно, в период замены двигателя он подсел и сейчас требует зарядки. Эту проблему также можно решить путём подключения Ford IDS. Как видите, без диагностики тут не обойтись, с неё и советую начать.
Mazda 3