Здравствуйте, если генератор работает и заряд идет, то причина может быть в нарушении связи по кан-шине с ЭБУ, либо в самом ЭБУ. Нужно провести диагностику, почитать ошибку. Либо банально замкнуло электроцепь лампочки зарядки.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108