Добрый день, уважаемый автовладелец!
Уточните, пожалуйста, вентилятор не выключается вовсе?
В этом случае проверяйте датчик температуры, какие показания он выдает.
Также, нужно исключить наличие воздушных пробок, загрязнения системы охлаждения, радиатора.
Если включить обдув лобового стекла, то кондиционер включается автоматически, и вентиляторы будут работать тоже, пока не отключить обдув лобового стекла.Сделано это для того чтобы осушить воздух в салоне, и лобовое стекло не потело.
Херсон, Skoda Octavia