Добрый день. Проблема может быть как программном управлении, так и механическая. Прежде всего стоит съездить к официальному дилеру и узнать, есть ли обновленные версии прошивок на вашу коробку. Если есть, то обновить. Также можно попробовать заменить масло в КПП. Вы его кстати хотя бы раз меняли? По регламенту это надо делать каждые 45 тыс.км. Если ничего не помогает, то потребуется уже углубленная диагностика с помощью Ford IDS по pin-point тесту.
Mazda 3