Привет, проблема скорее всего в зацеплении. Когда Вы выжимаете сцепление, то при переключении в момент выхода муфты и до зацепления муфты с другой стороны происходит вращение первичного вала, т.е. в этот момент происходит контакт синхронизатора с вращающейся еще шестерней и доворот муфты. Вероятнее всего это такая особенность Вашей коробки, муфта при быстром переключении не успевает довернуться в нужное положение. И поэтому ощущается легкий толчок.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108