Добрый день, уважаемый автовладелец!
Теоретически, если плохо будет отрабатывать выжимной, то передачи могут недовключаться, и из-за этого чаще выбивать.
С другой стороны, после снятия коробки, могли неправильно после что-то собрать, или сбить регулировку тяг/тросов которые отвечают за выбор и включение передач.
Проверяйте все по месту, что трогали или могли задеть.
Херсон, Skoda Octavia