Добрый день, уважаемый автовладелец!
Если была произведена замена мотора, то невозможно сказать чего не хватает двигателю, или системе управления для поддержания нормальных холостых оборотов.
Подключайте сканер, смотрите показатели в реальном времени. Как правило, за холостые обороты отвечает датчик холостого хода, но и помимо него может быть масса проблем.
Херсон, Skoda Octavia