Добрый вечер. Только по Вашим словам сложно определить. Необходимо слушать, желательно на подъемнике и желательно на холодную, в момент проявления неисправности. Похоже конечно на коробку (Powershift), она довольно часто так себя ведет, но лучше убедиться в этом на диагностике. Звук прежде всего стоит локализовать, понять условия проявления (под нагрузкой, или без, откуда именно). Удобней всего это конечно делать снизу, на подъемнике. С этого и рекомендую начать.
Mazda 3