Добрый день. Может много что быть. Когда причиной является иммобилайзер, как правило моргает красный индикатор на щитке приборов. У Вас моргает? При установке КПП могли пережать какой-нибудь провод или просто произошёл сбой при отключении АКБ. Я бы рекомендовал сделать диагностику и почитать коды ошибок. Конкретный код ошибки уже укажет направление дальнейшей диагностики.
Mazda 3