Добрый день. Вообще память модулей управления энергонезависимая и сбиться настройки по идее не могли. А по описанию похоже на выход из строя ТСМ, что собственно тоже маловероятно только при замене АКБ. Поэтому прежде всего Вам необходимо подключить IDS, сделать опрос по кодам и удалить их из памяти, возможно произошёл какой-то системный сбой. Также, при наличии новых калибровок на РСМ и ТСМ установить их, и заново провести процедуру обучения (если у Вас Powershift) коробки. И на всякий случай проверьте, хорошо ли затянуты клеммы на АКБ.
Mazda 3