Добрый вечер. Вообще больше похоже на некачественный ремонт АКПП. Попробуйте найти подменный ЭБУ, с разбора например, и подключите для эксперимента. Если ничего не поменяется - то еще раз вскрывайте коробку. Эл. схему ищем, предоставим в ближайшее время.
И прежде всего, выполните диагностику и чтение кодов по трансмиссии, возможно, будут коды, которые направят в нужное направление..
Mazda 3