Добрый вечер. Вообще ремонт ДВС с проблемами в АКПП связан едва-ли. Полагаю, это скорее всего совпадения, если конечно при разборке\сборке на задели какой-нибудь разъем или не повредили проводку. Поэтому вначале стоит пройтись по следам ремонта, всё ещё раз проверить, и если видимых причин не видно, подключать диагностический сканер и выполнять диагностику. Проблема может быть механическая, в самой коробке, либо электрическая, связанная с блоками управления или проводкой.
Mazda 3