В диагностическом разъёме половины проводов может не хватать, это нормально, разъём спроектирован с запасом на будущие дополнительные системы. Если связь сканера с контроллером мотора и трансмиссии есть через разъём диагностики, то никаких больше проводов не нужно.
Проводку любую можно поменять, но это не так просто и проводку ещё найти нужно. Обычно в этом нет необходимости. Можно попытаться понять в каком проводе возможно замыкание или обрыв и его продублировать. Или пару проводов. А выяснить можно, проанализировав коды неисправностей и схемы.