Здравствуйте. Это износ синхронизаторов передач. Муфта, которая блокирует шестерни передачи при передвижении от первой ко второй цепляется за шлицы, но синхронизатор при этом не останавливает шестерню. Попробуйте, включать передачу с двойным выжимом сцепления. Если звука не будет, то я прав, и придётся менять подшипник и синхронизатор передачи. Также стоит проверить уровень масла в МКПП.
Балаково, LADA (ВАЗ) 2108