Добрый вечер!
Уточните, пожалуйста более подробно, симптомы когда возникает данный стук? При стоянке на режиме D и выжатом тормозе?
Если это так, тогда нужно смотреть навесное оборудование, слушать саму коробку, какой есть звук, откуда он доносится, может это вовсе не коробка.
Небольшая вибрация на D и выжатом тормозе будет в любом случае, но если это именно щелчки и они исходят от АКПП тогда уже нужно более тщательно осмотреть трансмиссию.
Херсон, Skoda Octavia