Здравствуйте, потому что при автозапуске,когда вы вынимаете ключ, и двигатель продолжает работать, штатный брелок,эту ситуацию расценивает как неисправность,то есть при включенном зажигании, нажимать на кнопки не зачем.Поэтому, если вы пользуетесь сигнализацией,то не пользуйтесь штатным брелоком, и наоборот.Если сигнализация, управляется по шине CAN, и есть функция SLAVE,то тогда можно использовать и штатный брелок.
Клин