Добрый вечер, уважаемый автовладелец!
Фильтр в АКПП меняется только при ее разборе, с поддона к фильтру не добраться.
Вышеописанные пикни могут быть как и при проблемах с тормозной системой, так и с коробкой.
Поверьте сейчас состояние масла, может там уже стружку погнало - и все станет ясно.
Дальше, сложно сказать с чего начинать, как минимум проверить подушки мотора и АКПП, дальше уже пытаться разобраться с коробкой.
Херсон, Skoda Octavia