Добрый вечер, Александр!
С одной стороны, если прошивка, она же "чип тюнинг" одобрена производителем, то есть выпускалась под данное авто, и производилась с учетом всех требуемых процедур, и у оф дилера, топри таких манипуляциях могут вноситься соответствующие отметки в гарантийный талон, и авто с гарантии не снимается, или устанавливаются какие-то иные рамки соблюдения гарантийных обязательств.
Но с другой стороны, именно на практике, могут возникнуть споры, которые даже в судебном порядке могут закончиться не в Вашу пользу.
Плюс ко всему, с гарантии автомобиль снять не смогут, а лишь тот элемент, который может выйти из строя по вине вмешательств, в данном случае, это перепрошивка.
Рекомендую Вам перепроверить информацию касательно данного авто в индивидуальном порядке, так как каждый случай уникален в этом вопросе.
Херсон, Skoda Octavia