Добрый день! Вы уверены что именно двигатель начинает троить? или это вибрация кузова от колебаний коробки либо самого двигателя?
Как правило такое возникают при износе масла в трансмиссии и вибрация передается на кузов, при прогреве масла вибрация пропадает. Проверьте состояние масла в коробке, опоры двигателя и АКПП.
Если же с ними все порядке, тогда ищите неравномерную работу двигателя, обычно это свечи либо требующая ревизии топливная система(фильтр, дроссель форсунки).
Херсон, Skoda Octavia