Добрый вечер.
Наиболее вероятная причина неисправности - отказ сенсоров в ручках дверей. Багажник открывается, т.к. в кнопке открывания багажника нет сенсора, она реагирует на нажатие и посылает сигнал на ключ, после этого багажник открывается. На автомобилях до рестайлинга 2012 года это была достаточно распространенная неисправность, из за попадания влаги, например после мойки, могут отказать все сенсоры, после просушки все приходит в норму. Это может повторяться периодически, и в конце концов сенсоры придется менять. Так же одной из причин может быть старый не совсем заряженный аккумулятор. В любом случае точную причину можно установить с помощью диагностики, в блоке управления должны зафиксироваться ошибки.
Москва, Audi A5